En 1965, avant de mourir, son maître, Kôdô Sawaki lui donne l’ordination de moine. En 1967, invité par un groupe d’adeptes français de la macrobiotique, il vient en France où il s’investit totalement dans l’enseignement du zazen et de la tradition zen, sa mission reçoit rapidement un grand écho.
En 1979, Il reçoit la transmission du Dharma de Yamada Reirin Roshi puis est nommé Kaikyosokan pour l’Europe en 1976.
À partir de ce moment, son œuvre missionnaire prend encore plus d’ampleur et aboutit à la création du temple de la Gendronnière en 1979.
En 1981, Maître Deshimaru tombe malade et décède des suites d’un cancer le 30 avril 1982 à Tokyo.